Подскажите пожалуйста, какие есть варианты проката велосипедов в Японии ?

Странно, у меня летом получилось в обоих приложениях с российским номером зарегистрироваться. Посмотрите ещё ecobike. Но тут нужно ещё иметь в виду, что у вас карта должна как кредитная проходить, даже если она на самом деле дебетовая. Ещё бывают локальные прокаты велосипедов без приложения, но тут надо конкретный город смотреть.