Подскажите, если в Японии Гугл показывает в правом нижнем углу цену с пометкой IC, это значит что я могу весь путь оплатить IC картой, правильно думаю?

Нет. Синкансен и ic карта две вещи несовместные. Чем пугает покупка тикета? Общением с продавцом? Я их тоже не люблю, покупаю в вендинг автоматах.

Можете, при покупке билета через smart-ex, привязываете номер IC и проходите по ней, ворота вам выдадут квиток с номером места.