Подскажите, если букинг оплату не снял с банковской карты(она у меня стоит как гарантия оплаты) то значит во время заселения спишут с нее?

Если у вас оплата после заселения, а не картой, то у вас спросят, как будете оплачивать, картой или наличными.

Ну у меня было так (не через букинг, с сайта отеля).

Когда совсем поздно было заселение, сняли ещё до приезда с карты.