Подскажите, автобусом из Мюнхена в Прагу есть ли бордер контроль (проверка документов на границе)?

Обычно нет, но всякое бывает. В обратную сторону стоит.

Но какая разница, если доки в порядке? а если не в порядке, то риски известны.