Можно ли влетать в Японию не по тому паспорту, в котором виза, а по второму (паспорт с визой с собой будет)?

Зачем такие сложности? Идёте в посольство и вам перенесут визу в новый паспорт в течении дня.

можно и так

можно в посольстве перенести в новый, если это мульти