У родителей греческий шенген, еще не открытый. Если они первый въезд в ЕС совершат на Кипр, а потом только в Грецию, насколько это не ок с точки зрения использования шенгена?

Это ок.

Если в Греции проведут больше времени, чем во всех других странах ЕС Шенгена вместе взятых, то проблем быть не должно. Вроде бы действует правило длительности пребывания, а не первого въезда. Но конечно всегда есть шанс словить проблем, даже если все делать правильно, от случайности никто не застрахован.

Только не забывайте что это касательно двукратного\мульти шенгена.