Проверяют ли документы при пересечении границы Германия - Чехия у граждан РФ и могут ли визу Шенген аннулировать?

Конечно, если установят что вы визовые правила нарушали.

1. Как правило, нет.

2. Нет.

Могут. Если у вас не первая поездка по мультивизе, вы можете использовать ее для поездки в любую страну шенгена. Если первая, смотрите, чтобы не бросалось в глаза, что вы указали ложные сведения о поездке в анкете на визу.