Я получила визу D во Францию визитер, у меня вопрос: Если я въеду во Францию через Эстонию, это повлияет на валидацию?

У меня виза Д по браку и я через Эстонию , но пограничники спрашиваю свидетельство о браке , может в Вашем случае тоже нужно иметь документы на основании чего Вы получили визу

Не обязательно. Вы въезжаете в Шенген.

Въехали вы не «только», а когда поставлен штамп на въезде в Эстонию. Французские пограничники вам ничего не подтвердят