Кто может подсказать, вылетаю по паспорту РФ внутреннему из России (имею 2 гражданства). Могу ли заехать уже в Армению по второму паспорту ?или нужно только по паспорту РФ заехать т.к по нету выехал

По любому можно; выехали по одному, въехали по другому паспорту.

Вы обязаны показывать русским - русский паспорт, армянам - армянский. Обе страны считают вас только своими гражданами, несмотря на наличие других. Если гражданство не Армении, то можете предъявить паспорт третьей страны на въезде.