Подскажите пожалуйста, если я подалась на резиденцию Португалии по статье 88 (в мае , рабочий контракт), а теперь увольняюсь и хочу открыть ИП, это повлияет на мой процесс?

Насколько мне известно - нет. У меня ситуация наоборот. Просто при подаче документов покажете документы на ИП, ресибы за последние 3 месяца, и все что ещё необходимо.

И там должны поменять статью с 88 на 89. Главное что вы платите дань в казну)

Да, там после письма с оплатой 397€ через какое-то время придет ещё письмо со ссылкой на загрузку документов и там чуть ли не самый первый пункт это указана ваша статья и есть кнопка сменить статью (с 88 на 89 и обратно). Так, что совершенно нормально и не стоит переживать по этому поводу