Подскажите ставят ли штамп в паспорте при прохождении границы самолёт, поезд, на авто из РБ в РФ?

Нет

Если Вы не гражданин РФ или РБ, то Вам только самолёт. У Беларуси и России одна общая внешняя граница. Поэтому не ставят между странами штамп.