Получил загранпаспорт в секции интересов РФ в Тбилиси, но отметку о выдаче этого паспорта не поставили в РФ паспорт, говорят они не делают этого. Собственно вопрос, чем это чревато?

Ничеем. Это необязательные отметки

ничем. я уже 5 лет так живу. наверно надо это сделать, но каждый раз как еду в РФ забываю .. и внутренний паспорт много раз смотрели на границе и полиция по дороге в Мск, никаких замечаний....