Может кто подсказать по приложению бакая. Можно в нем как-то сделать так, что любая оплата с карты производилась через получение кода в приложении/мейле/смс?

Код запрашивает платежная система, если продавец не поддерживает 3ds, то кода не будет. Тут от банка не зависит ничего - если МПС авторизовала платеж (без кода), то банк отказать не может.