Подскажите, пожалуйста, можно отказаться от Водафона и перейти к другому оператору с номером в Чехии? Есть какие-то штрафы?

Можно. Штрафов нет. Но если договор у вас предусматривает скидки, а уходите до истечения договора, то придётся вернуть полученные скидки.