Подскажите пожалуйста, если прилетать на Мальту не из Шенгена (виза Франции), возникают ли вопросы при прохождении контроля? Могут ли завернуть, как в Венеции?

Завернуть всегда могут. Надо иметь готовую легенду почему именно на Мальту (например, очень хотите посмотреть что-то там, а дальше летите во Францию, так удобнее вам)