Подскажите, есть ли у пограничников Латвии возможность посмотреть данные фмс об уведомлении (а точнее НЕуведомлении) мною о втором гражданстве?

Думаю есть, это же ФСБ

Начнем с того, что согласно законодательству РФ это не их дело. Паспортная служба только фиксирует факт пересечения госграницы, запрет на пересечение госграницы и проверяет основание для въезда и выезда иностранных граждан.

Фмс нет уже. Вместо них Главное управления по вопросам миграции МВД. А как они узнают, если даже МВД об этом не в курсе? Данные они получают из него. Вы же им не сообщили. Но рано или поздно пограничники поймут что у вас два гражданства при очередном пересечении границы.