Можно ли поехать в Калининград на поезде с запретом на выезд по линии ФССП?

Да, можно. Все поезда, идущие в Калининградскую обл., транзитные. В силу ст. 6 114-ФЗ от 15.08.1996 транзитный проезд с одной части РФ на другую не рассматривается как выезд из РФ и въезд в РФ, при этом билет должен быть куплен Россия-Россия (например, Москва-Калининград, Смоленск-Калининград).