Скажите пожалуйста Малага сильно пострадала от наводнения, билеты и проживание уже оплачены и деньги не вернут?

В Малаге не было наводнения.

Ж/д ветка идет не вдоль берега, а как раз в противоположном от моря направлении ( т. е. «в горы»)

Все спокойно

Был сильный ветер, дождь, гроза и молния.

Днем вчера было солнечно +20 градусов.

Ну карту Испании то посмотрите. Где Валенсия и где Ма.лага