Скажите пожалуйста, если из Италии внутренним рейсом полететь в Эстонию то не будет проблем из-за гр РФ?

Если проблем с документами нет, то не будет

Но на всякий случай я бы вам советовала звонить в посольства и консульства и узнавать лично. Так надежнее будет и Вам спокойнее…. Ибо там вам подскажут люди которые за это реально отвечают

Вы можете перемещаться внутри Шенгена в рамках действия своей визы куда хотите.

Вы можете с тур визой через Эстонию заехать в Рф, проблем не будет, а вот в Эстонию из Рф только с визой д или внж или гражданством или с тур визой но близкими родственниками в Эст.