Подскажите пожалуйста, чем отличаются 3 цифры в органе выдавшем паспорт в Армении?

Вы же сами и ответили на свой вопрос. Каждый орган выдающий паспорт Армении имеет свой 3-х значный цифровой код. Этот код просто показывает, где именно и каким органом выдан тот или иной паспорт РА. К примеру Консульство Армении в Москве выдаёт паспорта с кодом 099...