Подскажите, если отдельно брать билеты до Пекина и с Пекина в Японию, разные авиакомпании, не транзит, как проходить границу в Китае и нужна ли виза или можно без визы?

Можно без визы. Общее правило одной пересадки в Китае и не более шести дней.

мы так летали, получили транзитную визу в китае, получали чемоданы, потом прошли заново контроль заново

Можно без визы. Багаж в России могут зарегистрировать сразу до Японии. Берите с собой распечатанные билеты до конечного пункта. Если у вас короткая стыковка в Пекине, идите по знакам транзит и на стойке вам выдадут посадочный до японии, дальше досмотр и вы в зоне ожидания, ждете своего вылета. Если у вас долгая пересадка, то можно попробовать выйти из аэропорта в город или в гостиницу. Но я лично не выходила, опытом не поделюсь