Подскажите пожалуйста, Где лучше заключить брак гражданке РФ и гражданину Германии?

Там, где вам удобнее. Процедуру воссоединения все равно проходить придется, но от места брака зависит, какая виза у вас будет - жены или невесты. Это в любом случае виза D, просто немного по-разному выдается.