Кто-нибудь сталкивался с тем, что ARD выставил счет на второго проживающего в квартире в Германии, хотя счет уже оплачивается?

Ну, да, такое бывает.

На сайте ARD есть для этого специальная форма для подачи информации о том, что взнос уже оплачен другим жильцом.

Вам понадобится номер плательщика (Beitragsnummer) того, кто уже платит, чтобы они могли обновить данные.