А где лучше останавливаться в Киото или Осаке?

В Осаке

Если позволяет время, то оба варианта

Зависит от ваших планов что вы хотите делать, куда ездить и тд

Если вопрос бюджета - Осака дешевле

В Киото и Осаке нужно жить, это мне мнение. Не ездить туда-сюда

Осака хороша как хаб, если вы каждый день планируете куда-то выезжать. Мы так сделали, но мне стало очевидно, что один день в Киото - преступно мало, не успели посмотреть и трети. Поэтому смотрите, какие у вас цели, от этого отталкивайтесь. Если Киото и Нара - вполне можно жить в Киото и одним днем сгонять в Нару.