Подал документы на визу Испании (Москва), есть необходимость со счета снять средства. Большую часть. Может ли как-то этот факт стать известным в процессе рассмотрения? И повлиять на результат

Нет, край что могут сделать это отправить запрос выдавал ли банк справку под номером, но ваши банковские сведения, в частности размер средств на счетах никто не вправе раскрывать без судебного запроса, это в теории. Про то, как фактически консульства проверяют эти справки инсайдов нет. На практике люди советуют держать средства, в чем конкретная причина не могу сказать

Конечно, не может. Как консул узнает, что вы сняли деньги со счета?

Как вам справедливо заметили, есть банковская тайна, снимайте деньги если вам нужно и не переживайте.