Кто ездил на автобусах между городами Японии , там нужно за багаж доплачивать?

Доплачивать не приходилось, есть только ограничения по размеру и весу, но примерно те же что у авиалиний.

В шинкансене что то такое есть, когда гуглил про билеты - заметил мельком. Там вроде резервировать надо, либо потом доплачивать, что такое. Погуглите, лишним не будет