Подскажите, если на руках есть внутренний паспорт РФ и паспорт Киргизский, по какому из этих документов надо покупать билеты из Киргизии в Россию?

Если с регистрацией в КР все нормально, берите по документу, по которому вьезжали в КР, если нет, то берите по РФ паспорту, на регистрации в аэропорту пройдете по РФ паспорту, но на погран контроле КР даете кырг. паспорт, там билет не проверяют, а при въезде в РФ вьезжаете по РФ паспорту

Улетайте киргизским, так вы подтверждаете КР о выбытии, а при прилёте российским, вас РФ увидит, что прибыли