Подскажите, если прилетел чартером в Хургаду, пробыл там меньше 28 дней, обратно же можно регулярным рейсом улететь? Или обязательно также чартер?

Только чартер в вашем случае

Можно

Регулярным рейсом вылететь можно всегда, а чартером - только если прилетел чартером и находился меньше 28 дней

Можно. На регулярном в любое время и из любого аэропорта.

Ограничения касаются вылета чартерными рейсами

Я прилетаю чартером в Хургаду и через 2 недели вылет регуляркой из Каира, я думаю проблем не должно быть) но как говорится: опыт покажет.