Подскажите, если билеты куплены с одной карты, а бронь отелей произведена с другой, то нужно предоставить выписку с обеих карт для визы в Японию?

Это не взаимосвязанные вещи. Просто нужна выписка с карты, что-бы подтвердить что у вас там есть деньги. А билеты и отели могут быть куплены по абсолютно другим картам.

Я оплачивала билеты с одной карты, отели - с другой, а выписку предоставила с третьей ) все гуд, визу дали.

Для подтверждения оплаты билетов и отелей не нужны выписки из банка, оплачено или нет видно в самих распечатанных билетах и бронированиях.