Ecли с Афин лететь Эгейцами до Еревана, а затем Аэрофлотом до Москвы, в Ереване надо проходить контроль и получать багаж ,или его переложат?

Разумеется надо, у вас разные АК, а не единый билет с пересадкой

Мы так летели из Москвы в Ереван , потов Салоники.

Сначала получаешь багаж, проходишь паспортный контроль, затем снова сдаешь багаж и снова паспортный контроль на вылет из Еревана. По времени часа два ушло

Разными компаниями летите.

Проходите контроль и багаж получаете.