Я давно не был в Казахстане, как я понял как только я прошел все и готов ехать , захожу в приложение (уже скачал) Яндекс, заказываю и могу оплатить мастер кард своей страны в приложении или в такси ?

Карта должна быть привязана в приложении! В самом такси картой расплатиться нельзя.

Для начала вам нужно успешно привязать карту вашего банка в приложении Яндекс.такси. Если у вас есть российская карта - лучше сразу привязывать её