Мы уже больше недели в Черногории, но как то так получилось, что мы только узнали, что надо было регистрироваться и платить туристический взнос.

так и есть: возможно, будет штраф, но это неточно )))

Суть в том, что отсутствие регистрации - нарушение. Но если вы арендовали жилье через сервисы типа букинга - то вас должен был регистрировать хозяин. И ваше оправдание - бронь с букинга.

Если вы арендуете жилье неофициально или живете "у друзей", то ответственность на вас. Но придется ли платить штраф или нет - зависит отнастроение конкретного пограничника)

Вы где жили и как арендовали?

При прохождении паспортного контроля на вылете из ЧГ могут впаять штраф от 400е. А могут и не впаять. Если хотите обезопаситься - к инспектору по иностранцам на площади солнца и по 40е с человека штраф.