Подскажите пожалуйста кто в курсе, у меня в Чехии в Праге машина на российских номерах, заезжал, планирую ехать в Чехию, могу ли пользоваться машиной или должен выехать из ЕС или как-то её поставить на учёт?

Мало вводных, какого года машина, статус в Чехии. Если завозили несколько лет назад и не выезжали из ЕС, могут остановить. Езда не транзитом на номерах РФ, квест.

Временный ввоз на территорию ЕС разрешён только на полгода. Есть отдельные страны, где можно дольше (в интернете можно найти информацию, по-моему Монако), но сейчас перемещения транспорта достаточно четко отслеживают. в любом случае выпишут штраф, даже если таможить её решите. А если не решите - риск конфискации (как было на севере Германии).

если машина ценная, то таможить, или купить вторую на чешских номерах и использовать как запчасти. Если нет - то проще на разборку её отдать.