Из Токио едем на Шинкасене в Осака, чтобы остановится там и посмотреть Киото и Нара. Подскажите пжта в каком районе Осака в таком случае лучше остановится ?

чтобы тратить меньше времени на дорогу, то лучше жить ближе к тем веткам метро, по которым планируете добираться до Киото и Нары.

в Киото вам ездить чаще, поэтому больше на это бы ориентировался.

У вас неоптимальный подход. Ищите от отеля, а не от района. Синкансен из Токио прибывает на Shin-Osaka, электрички в Киото уходят с Osaka Station, это 2 разные станции.