Верно ли будет организовать поездку таким образом,что три дня в Киото ,4 дня в Токио ,если в распоряжении неделя ?

Лично я бы посоветовала провести неделю в одном городе + ближайшие города, например, Токио + Камакура или Киото + Осака + Нара. Иначе получится галопом по Европам. Но если Вы хотите только самое-самое главное посмотреть, то при желании можно уложиться, конечно.

При таком ограничении лучше сэкономить и не дёргаться с Токио там и вокруг него есть что посмотреть.