Спрашивали ли у кого то с одним родители разрешение на выезд из России в Японию? Если фамилии разные например.

с одним родителем не требуется разрешение второго, главное чтобы в системе запрета не стояло от второго родителя

фамилия не важна, главное чтобы у вас были все подтверждающие документы о том что это ваш ребенок

Только в РФ нужно свидетельство о рождении на выезд с ребёнком.