А после истечения 3 месяцев электронной визы во Вьетнам идет 45 дней безвиза или это так не работает?

Нет. Так это не работает)

Надо выехать и получить либо 45 дней по штампу, либо сделать новую визу

Выезжаете и заезжаете по безвизу на 45 дней или по выезду делайте е виза на 90 дней