Подскажите такой вопрос. Влетали по однократной визе в Китай, полетели из Китая на Филиппины и не учли, что больше влететь не сможем.

В первом случае у вас был железный транзит с одной остановкой 144ч в Пекине, но как видите всё упёрлось в некомпетенцию сотрудников регистрации в Маниле и их нежелание копнуть глубже. Поэтому никакой гарантии во втором, более "тяжёлом" случае, нет. Хотя оба случая на самом деле законны с точки зрения КНР.