Может кто-то подскажет, если прилетаем из России в Малайзию, дальше в Индонезию, потом в Сингапур и снова в Малайзию-могут не дать транзитную визу?

Транзитной визы не бывает. Есть Безвизовый транзитный въезд. VFTF. В вашем случае вы должны проходить по правилам VFTF.

Все пройдет отлично. Только что вернулась из подобного путешествия . В Куале перед посадкой на рейс в Сингапур помухрыжили около часа, но все прошло успешно. Раньше приезжайте в аэропорт . В Сингапуре автоматический паспортный контроль, попросили показать билет из Сингапура. Меньше минуты все про все.