Нахожусь в Шарм-Эль-Шейхе. У меня на ресепшене забрали ваучер, так и должно быть?

Нет

У вас три ваучера, один забирает отель, второй гид и третий у вас остаётся

Ваучер же из нескольких частей: одна из них у вас остаётся. У нас так было.