Подскажите, есть ли паспортный контроль в аэропорту в Кракове? Если лететь внутри шенгена

Если документы в порядке, то какая разница?

Нет

При посадке на рейс просят предъявить паспорт.

Паспортного контроля нет, но при посадке проверяют личность (чтобы имя в билете и документе совпадало), это не одно и то же. Местные предъявляют ID и этого достаточно, кстати при вылете из другой страны в Польшу также показывают польскую ID