Я правильно понимаю, что лучшим вариантом для транспорта в Японии будет Суйка в Эпл Пей + наличка, где карта не сработает?

Практически по всей Японии. Все транспортный карты подписали договор о взаимозачете.

Уточните время когда планируете из аэропорта стартануть, выборка будет более корректной.

Вариантов много. Смотрите по цене и удобству. И желательно чтобы между были пересадки без ку, и мин пешком, значит просто придётся переходить скорее всего по улице или внутри с линии одного оператора на линию др. Синкансены вообще по отдельным ветками ездят.