Такой вопрос из какого паспорта заполнять паспортные данные при брони билетов/отеля для подачи на визу в Японию, потому что у меня в РФ паспорте фамилия Рожков прописана транскрипцией Rojkov, а в загране Rozhkov.

Здравствуйте!

Конечно, как в загране. Вы по нему будете заселяться и лететь/ехать. Всегда необходимо вносить данные документа, где стоит виза

Может быть грустно если транскрипция в тикете и паспорте различается. Таможня может повернуть.

Я конечно не уверен, но вот эта транслитерация внутри паспорта нигде не нужна в принципе и в РФ

Ваш внутренний паспорт неактуален нигде, кроме РФ.

Ваше удостоверение личности при путешествии - загран.

Вы свой внутренний паспорт показывать не будете ни на стойке регистрации, ни пограничникам. Берите версию заграничного.