Объясните, пожалуйста, для чего делать код для прилетающих в Японию? Обязательно ли?

Чтобы не писать потом все это вручную по прилёту и не тратить время

Необязательно. Это вместо таможенной декларации и миграционной карточки (заполнение их в электронном виде)

Но ничто не мешает просто заполнить их в бумажном виде.

Это сервис для интровертов, которые не желают вкусить дзэн процедур заполнения анкет и общения с пограничниками и таможенниками.