Подскажите в Японии есть карты, например как в Корее, которые открываются туристам и работают как банковские - пополнять и платить с них йенами, и не работающие за пределами ?

По п.1: прямого аналога нет, но можно купить prepaid банковские карты (Visa/MC) на определеную сумму. Пополнить их не получится.

Второй вариант - транспортные IC-карты, которыми можно расплачиваться во многих местах (но далеко не везде). Их пополнять можно.