Если купил билет чартерной АК через сервис авиасеилс Хургада-Москва граждан РФ, прибывающей в Египте более 90 дней, прилетел из Турции, Анталия АК Пегас(возможно другой) могут ли быть трудности с вылетом?

Улететь обратно чартером беспрепятственно могут только туристы, находящиеся в Египте менее 28 дней. В вашем случае нужно получать разрешение в аэропорту вылета, но подробностей я не знаю. Дополню: но если вы были в Египте свыше 90 дней, то якобы на чартер вообще нельзя получить разрешение.