Вопрос: мы прилетели в Хургаду, все куртки, теплые вещи еще в самолете сложили в пакеты. Т. е.

Не будут. В отдельный пакет положите, чтобы было видно, что это тёплые вещи. В крайнем случае, если это куртка, то на плечи накиньте, пройдите регистрацию и снова вещи в пакет. Верхняя одежда багажом не является.

Нет, верхняя одежда не считаются ручной кладью