Подскажите пожалуйста, если прилет в шарм эль шейх в 00:45 ночи , до отеля ехать 5-10 минут, соответственно в отеле будем около 2 часов ночи. Как чаще бывает заселение? Сразу по приезду или придется все же доплатить за сутки ? Или зависит от отеля?

Заселение зависит от отеля и заполняемости. Могут за деньги заселить.

У вас пакетный тур? А как взять тур, чтобы вечерняя дата вылета не входила в тур?

Если у Вас тур, то посмотрите ваучер, раз вылет был в предыдущие сутки то и отель уже оплачен и номер Ваш свободен.

Вообще у вас должен быть оплачен отель с предыдущего дня. Ведь пакетные туры плюс чартерными перелетами и соответственно они могут сдвигаться в пределах даты вылета. Вдруг Вам вылет перенесут и будет не вечерний, а рано утром (конечно такого не будет, но в теории может). В общем скорее всего отель оплачен с 14 часов дня вылета и заселят сразу, но уточните у туроператора на всякий случай