Может кто-нибудь недавно улетал из Франкфурта на Майне по шенгенской визе другой страны, как в целом прошел таможенный контроль?

Штамп поставят при выезде из шенгена, если у вас туристическая виза. Если национальная штамп только при въезде в первый раз, по крайней мере в Германии. Если летите внутри Шенгена никакого паспортного контроля ни разу не видел, вероятно, если регистрируетесь на стойке, там на всякий случай проверят основания нахождения. Таможенного контроля как такового тоже нет.