На какой лучше паспорт взять билет, если лечу из Москвы в Кишинев через Стамбул? Или нет никакой разницы?

Без разницы

Думаю без разницы, главное что вы покажете при прохождении таможенного контроля в аэропорту))

На любой загран паспорт берете:

- на стойке регистрации показываете паспорт на который куплен билет

- пограничникам РФ показываете загран паспорт РФ

- в стране транзита любой, но въезд и выезд по одному паспорту ( это если раздельный билет очень важно!)

- пограничникам РМ показываете загран паспорт РМ

Обратно так же

Обратите внимание, что у них другой аэропорт, большинство рейсов из Москвы летит в IST, а Пегас из SAW и ехать там часа 1.5-2 между ними если пробки